如果有巧克力囊肿，吃中药可以抑制其生长。巧克力囊肿的病因和发病机制至今尚未完全阐明，没有单一的理论可以解释其发生。
采用活血化瘀、消癥散结的治疗，基本药物有丹参、当归、川芎、赤芍、三七、水蛭、土鳖虫、莪术、川牛膝、山楂、路路通、党参、鸡内金等。丹参通利血脉、祛瘀止痛，当归补血活血，赤芍、川牛膝活血散瘀，莪术、水蛭、土鳖虫破血逐瘀，三七散瘀止痛，川芎、路路通行气活血，山楂行气散瘀，党参补气养血、扶助正气，鸡内金既可健脾，又能化坚。诸药合用，有活血化瘀、消癥散结之功效。