颅底凹陷症，其手术适应证为：有神经系统症状和体征，病情呈进行性发展。如果符合以上条件，就必须考虑手术。如果没有出现神经系统症状和体征，病情也是相对稳定的，就不需要手术。
如果达到了手术指证，手术的目的主要是为了解除神经组织受压，和脑脊液通路受阻的症状，需要根据患者的具体病情，选择经枕下入路减压术，或者经口腔入路切除齿状突。该疾病一般预后较为良好，病情如果严重或者已经发展为神经退行性变者，术后症状多可以得到缓解，有利于防止病情进一步发展。