三叉神经痛现在已经有明确的病因，主要病因就是在三叉神经从脑干发出来，经过骨孔出颅的行径中会有一些异常的血管，搭在神经节点。
血管往往是一些动脉的小动脉在不断地波动，在波动过程当中就会刺激三叉神经，造成了三叉神经支配区域的疼痛。这个疼痛非常严重，比如有刀割样、电击样的疼痛。大多数病因是由这个引起，但也有一些是继发性三叉神经痛，比如周围有什么病灶，长出了肿瘤，这个相对比较少见。大多数都是由于迂曲的血管搭在神经上，随着跳动造成了这个三叉神经痛的发病。
针对这个病因可以通过外科的手段，例如通过手术来治疗三叉神经痛。