克罗恩病是消化系统比较疑难的疾病，对于克罗恩病的治疗主要有以下几个方面：
第一、常用内科保守治疗，主要应用的药物是乙酰水杨酸类制剂药物，也是比较常用的一类的药物，如果在活动期病情比较严重的时候，还可以应用糖皮质类激素加免疫抑制剂的治疗方法。最新的治疗还有抗肿瘤坏死因子、单克隆抗体生物治疗，如果在急性活动期症状缓解以后，还要进还要进行一个维持治疗，也是应用乙酰水杨酸类制剂、糖皮质激素、免疫抑制剂来进行长期的维持治疗。
第二、外科的手术治疗，主要针对的情况是克罗恩病合并出现了肠梗阻，特别是完全性的肠梗阻，还有肠内瘘形成的患者，也需要手术治疗。
大致来说，克罗恩病的治疗是以内科保守治疗为主，外科治疗为辅。