乙胺丁醇是治疗结核的一线药物，疗效诊断较好，副作用相对较少。乙胺丁醇是抑菌药物，而不是杀菌药物，通常不能单独使用，需要与其他药物联合应用。乙胺丁醇主要副作用是视神经炎，可引起视敏感度下降、视野缩窄、颜色识别能力降低，还可能会引起眼底出血。
另外，可以引起胃肠道反应，如厌食、恶心、呕吐、腹痛等症状，比较罕见的是会引起周围神经病变、行为异常、过敏反应、意识模糊或者眩晕、急性痛风，血液系统会引起白细胞减少、血小板减少、嗜酸性粒细胞减少，也会出现皮肤反应，如皮疹、瘙痒、皮炎等，还会引起间质性肾炎。