窦房结是心脏主导节律点，在自主神经的调控下有节律地发放冲动，支配心脏的跳动，维持人体血流的正常循环，当其搏动发生了过快、过慢或显著不匀齐的变化，称为窦性心律失常。窦性心律失常的病因和发病机制较为复杂，不同类型其病因不尽相同，疾病因素、药物因素和生理因素均可参与其发病。
1、疾病因素：纤维化与脂肪浸润、硬化与退行性变、淀粉样变性、甲状腺功能减退、某些感染（布鲁氏菌病、伤寒）等，均可损害窦房结，导致窦房结起搏与窦房传导功能障碍；窦房结周围神经和心房肌的病变，窦房结动脉供血减少亦是病态窦房结综合征的病因。全身性疾病，如严重贫血、甲亢、发热、甲减、电解质紊乱等也可能引起窦性心律失常。
2、药物因素：某些抗心律失常药物如洋地黄类药物、乙酰胆碱等，可抑制窦房结功能导致窦性心律失常。
3、生理因素：运动、过度兴奋、精神紧张、恐惧、过量饮酒、饮茶及咖啡等可引起窦性心律失常。这些原因引起的窦性心动过速是暂时性的，消除诱因，心率即恢复正常。