胃镜检查可用于食管、胃以及十二指肠球部到降段疾病的诊断，如反流性食管炎、食管息肉、慢性胃炎、萎缩性胃炎、胃溃疡、胃息肉、十二指肠息肉、十二指肠溃疡等。
如果出现上腹不适、上腹痛、恶心呕吐、食欲不振、反酸、烧心等症状，也可通过胃镜检查明确诊断。此检查能直接观察到被检查部位的真实情况，还可通过对可疑病变部位进行病理活检及细胞学检查而进一步明确诊断。