巧克力囊肿是由于子宫内膜异位造成的，发现巧克力囊肿，要根据病人的年龄、囊肿的大小、是否需要生育等，来决定治疗方式。如果有生育要求，卵巢囊肿还比较小，可以先服用一些药物，比如甲羟孕酮、米非司酮等。造成药物性闭经，使异位的子宫内膜发生萎缩，然后及早怀孕。如果巧克力囊肿大于5cm，及早进行手术治疗，可以采取腹腔镜手术的治疗办法，以免发生扭转、破裂等并发症。巧克力囊肿有可能会发生复发，手术以后可以服用短效避孕药进行调理，比如可以服用去氧孕烯炔雌醇片或者屈螺酮炔雌醇片。