小儿严重联合免疫缺陷病通常于生后2~7个月发病，早期临床症状不典型，之后对病情发展，可出现生长发育停滞、呼吸道症状、鹅口疮、肺囊虫肺炎、细菌感染等。如不经严格隔离、造血干细胞移植或基因治疗，严重联合免疫缺陷病患儿几乎均于2岁内死亡。
一、典型症状
1、感染：感染的特点为临床表现重、不易治好、反复或是条件致病菌感染，部分患儿出现持续性腹泻。感染十分广泛，包括细菌、病毒和真菌。细菌感染如卡氏肺孢子虫、曲霉菌、李斯特菌和军团菌，另外，播散性卡介苗感染也很常见。巨细胞病毒感染是最常见的机会性感染，也是T细胞缺陷的一个重要标志。真菌感染主要表现为鹅口疮，反复的真菌感染可导致喂养困难和体重减轻。
2、皮肤症状：早期临床表现不典型，新生儿期麻疹样皮疹可能是唯一症状，也可表现为脂溢性皮炎、剥脱性皮炎。
3、胃肠道症状：患儿食欲差，伴有持续腹泻、生长发育停滞和营养不良。
4、血液系统症状：患儿因贫血出现面色苍白、浑身乏力、头昏耳鸣等症状。
二、其他症状
患儿对细菌感染、真菌感染和病毒性感染缺乏抵抗力，还可发生脓皮病、病毒疹、湿疹淋巴结肿大、肝脾肿大等。如患麻疹则病程长，皮疹持续时间亦长。疱疹、水痘、风疹等感染特别严重。种牛痘后常引起全身性牛痘疹而死亡。