格林-巴利综合征大部分预后较好。格林-巴利综合征如果是急性起病，则病情一般在两周左右开始达到高峰，然后逐渐恢复。有少数患者在恢复中出现一些症状的波动，多数患者神经功能可以在数月内基本恢复。
急性格林-巴利综合征病死率大约为3%，主要死于呼吸衰竭、感染、低血压、严重心律失常等并发症，因此在急性格林-巴利综合征的治疗过程中，需注意防治此类并发症。如果防治并发症方面做得较好，则格林-巴利综合征相对预后较佳。慢性格林-巴利综合征如果就诊时间较晚，则预后不良。