肝内胆管结石处理起来还是较为复杂，处理的方式也有很多。根据肝内胆管结石是否造成胆管狭窄，肝脏萎缩，以及肝内胆管结石的具体位置来决定处理的方式。有些肝内胆管结石可以通过胆道镜取石，而有些肝内胆管结石还需要切除病变的胆管以及萎缩的肝脏。而有些非常复杂的肝内胆管结石，还需要采用多种方式进行综合治疗。对于孤立性，直径较小，没有临床症状的肝内胆管结石暂时也可以随访观察。