纯红细胞再生障碍性贫血的治疗需要根据疾病的分类和严重程度选择治疗方式，所有确诊患者均需立即停用所有可疑药物，合理治疗存在的感染，根据病因选择合适的药物治疗。对于药物治疗无效或反复发作者可进行血浆置换、造血干细胞移植或手术治疗。多数患者的治疗周期为4~6周。
一、一般治疗
纯红细胞再生障碍性贫血的诊断一旦确立，应立即停用所有可疑药物，合理治疗存在的感染，大剂量静脉免疫球蛋白适用于微小病毒B19相关性纯红细胞再生障碍性贫血。药物和病毒诱发的急性自限性纯红细胞再生障碍性贫血多在1～3周内自行恢复。获得性纯红细胞再生障碍性贫血应积极治疗原发病，如胸腺瘤及其他恶性肿瘤、自身免疫性疾病等。在原发病得到有效控制后，获得的纯红细胞再生障碍性贫血也可获得缓解。
二、药物治疗
1、糖皮质激素：为首选治疗，尤其是年轻患者。常用药物为泼尼松，多在一月左右生效，有效者宜缓慢减量直至停药，总疗程3～4个月或更长。有效率约40％，减量或停药后复发者并不少见。避免长期使用，避免出现内分泌紊乱、脂代谢异常、肝肾功能损伤等并发症。
2、环孢素：是另一纯红细胞再生障碍性贫血的一线药物，有条件时应根据血药浓度调整剂量。有效率60％～80％，疗效见于治疗开始后2～4周，多数在3个月内达到满意效果。治疗期间需监测肾功能。多数患者需要最低剂量进行维持治疗。应注意许多药物同时使用可增加环孢素的血浆浓度，增加环孢素的肾毒性。
3、细胞毒药物：用于一线治疗无效者，常用有环磷酰胺和硫唑嘌呤。选其一种，从小剂量起始，有效率40％～60％，多在2～3个月奏效。近期副作用为骨髓抑制，应注意检查血象，并据以调整剂量或停药。远期副作用有继发性肿瘤和不育，故年轻患者慎用。
4、抗胸腺细胞球蛋白：适于难治、复发的纯红细胞再生障碍性贫血患者，一般有效率约50％。副作用轻微，效果良好，可长期使用。
5、抗淋巴细胞单克隆抗体：抗CD20单抗和抗CD52单抗均有成功治疗难治患者的报道，但价格昂贵。
三、手术治疗
1、胸腺瘤切除术：可试用于以上治疗均无效的难治性病例，但有效率不高。对慢性纯红细胞再生障碍性贫血患者应检查胸腺，如有胸腺瘤应手术切除，去除病因有可以治愈。但无胸腺瘤者胸腺切除无益。
2、脾脏切除术：适于药物治疗无效，反复发作的难治患者，约对14%的患者有效。手术创伤较大，恢复时间长，不作为首选方式。
四、其他治疗
1、血浆置换：适用于ABO血型不合的造血干细胞移植术后发生的纯红细胞再生障碍性贫血患者。可迅速缓解患者贫血症状，效果良好。
2、造血干细胞移植：慢性纯红细胞再生障碍性贫血极少成为干细胞移植指征，少数难治患者可以考虑。