荚膜组织胞浆菌病一般无需治疗，严重患者通常使用两性霉素B、伊曲康唑或其他口服唑类药物，对于肺部局限性病变严重者可考虑手术治疗。
一、药物治疗
1、两性霉素B：用于有严重肺组织胞浆菌病或播散性组织胞浆菌病患者的治疗。两性霉素B作为单独用药是有效的，并可能在预先排除使用伊曲康唑或其他口服唑类药物的情况下，作为首选治疗药物。
2、伊曲康唑：常在治疗初始阶段使用两性霉素B，直到患者产生良好的应答后，可以口服抗真药完成疗程后，用伊曲康唑作为后续的维持用药。伊曲康唑可作为轻度及中度组织胞浆菌病患者的首选口服用药，亦可作为剂量递减疗法用药，即在患者对两性霉素B产生初始应答后使用。
3、氟康唑：某些患者对伊曲康唑不耐受，或不能达到足够的血药水平，或者患者正在接受会与伊曲康唑发生严重相互作用的药物时，氟康唑可作为一种备选疗法，但是其疗效不如伊曲康唑。对于没有AIDS(艾滋病)的播散性组织胞浆菌病患者，氟康唑的有效率为70%。对伴有AIDS的组织胞浆菌病患者，氟康唑的治疗效果不及伊曲康唑，且治疗失败的患者会对氟康唑产生抗药性。
4、酮康唑：酮康唑引发的不良反应较多，但其在治疗某些具有轻度临床表现的组织胞浆菌病(播散性或中枢神经组织胞浆菌病除外)时却表现出有效。
二、手术治疗
对于肺部局限性病变严重者可考虑手术切除，若本病引起肠梗阻、类脑瘤等亦可行手术治疗。