人感染H7N9禽流感是由于禽流感病毒侵入人体所致，与病禽密切接触者感染概率更高。禽流感病毒通过呼吸道进入人体后大量增殖，从而引发呼吸道症状。
由禽类烈性感染病的病毒引起，传染源主要是患禽流感或携带禽流感病毒的禽类，患者和其他动物也有可能是传染源。传播途径是禽类传播给人，可能存在人传人，接触病毒感染的媒介或含有禽类粪便的肥料，呼吸道吸入传染性的排泄物也是可能的传播方式。