甲状舌管囊肿属于先天性疾病，当机体抵抗力差或者舌根有炎症等刺激时，会使这个管道明显一些，形成囊肿，需要手术切除。
在人体胚胎发育过程中，甲状软骨和舌头之间本来有一个管道相通，随着胚胎的逐渐发育，甲状软骨和舌头都长好了，它们之间的管道，就应该逐渐萎缩并消失了，但是由于某些原因可能会导致管道没有完全消失。