进行胃镜检查时，患者可能会出现一些不适反应，如在胃镜通过喉咙进入食道时，咽部会有数秒感觉疼痛，患者可出现恶心、呕吐反应，在胃镜进入到胃内部时也会有上腹部不舒服，胃牵扯感。
如不适感无法忍受，可用手势向医生示意，以便采取必要措施缓解。此检查能直接观察到被检查部位的真实情况，还可通过对可疑病变部位进行病理活检及细胞学检查而进一步明确诊断。