流感病毒引起大流行的主要原因是甲型流感病毒容易形成新的亚型，甲型流感病毒除感染人外，还可引起禽、猪等多种动物感染，易发生变异。甲型流感主要是血凝素和神经氨酸酶的变异，流感病毒发生变异的形式主要是抗原漂移和抗原转换两种形式。抗原漂移是由于基因组发生突变导致抗原发生小幅度的变异，不产生新的亚型，属于亚型类的变异，且出现频率较高，有累及效应，当达到一定程度后引起中小型的流感流行。而抗原转换是由于编码基因变异幅度大，往往产生强的致病株。人体原免疫力对便于产生的新亚型可完全或部分无效，可引起大流行，不过发生抗原转换的频率较低，发生十分缓慢。病毒抗原变异发生很快，导致人类无法获得对流感病毒的持久免疫力，同时也为疫苗的研制带来困难。