衣原体性结膜炎患者可表现为异物感、畏光、流泪、眼睛肿胀、明显结膜出血等，部分患者会出现睑内翻与倒睫、上睑下垂等并发症。
1、急性期症状：异物感、畏光、流泪、眼睛肿胀、明显结膜出血、黏液脓性分泌物。结膜充血明显，乳头增生肥大，上下穹窿部满布滤泡，滤泡表现为淡黄色胶样隆起的半透明小泡，大小不一，排列也不整齐。角膜上皮可见有灰白色细点状混浊。急性期如治愈可不留瘢痕，如未愈可在1~2月后转入慢性期。
2、慢性期症状：偶感发痒、眼睛干燥、灼烧感。睑结膜充血较急性期减轻，睑结膜肥厚混浊，血管轮廓模糊不清，可见淡黄色大小不等的滤泡互相融合，以上穹窿部和上睑结膜处显著。乳头增生密集。慢性期早期即可见结膜上灰白色细线条，此为病变后遗留的瘢痕。可逐渐交织成网状，病变严重且广泛者，可见睑结膜整个呈现白色腱样光泽。此时已不可见乳头和滤泡，即沙眼活动期结束。