眼眶肌炎一般情况下治疗周期为2个月，以药物治疗为主。患者早期应大剂量全身使用糖皮质激素，疗程足够长，可有效控制局部炎症反应。吲哚美辛治疗复发性特发性眼眶肌炎疗效显著，且副作用较少。针对糖皮质激素治疗无效和无法耐受糖皮质激素的患者，可以采用放射疗法。
一、药物治疗
1、糖皮质激素：泼尼松口服，可用于治疗过敏性、炎症性疾病。早期大剂量使用，病情稳定后应逐渐减量，视病情而定。有条件可以做超声波检查，并根据超声波反射性增高情况逐渐减量，超声检查反应正常即可停药。长程使用可引起以下副作用，如医源性库欣综合征面容和体态、体重增加、下肢浮肿、紫纹、易出血倾向、创口愈合不良、痤疮、月经紊乱、肱或股骨头缺血性坏死、骨质疏松及骨折。
2、非甾体类抗炎药：吲哚美辛用于各类关节炎、软组织损伤、各种疼痛等，对于治疗复发性特发性眼眶肌炎疗效显著，且与糖皮质激素相比，副作用较小。在患者全身应用皮质类固醇之前，可先给予吲哚美辛。此药应该在餐后服用，因为这类药物有一定的胃肠道刺激作用，病人可能会出现腹痛、腹胀、腹泻等胃肠反应
3、抗菌药：氯霉素滴眼液可用于治疗细菌引起的眼部感染，对金黄色葡萄球菌、化脓性链球菌、草绿色链球菌等细菌有抑制作用，对抑制眼眶肌炎引起的眼部感染、细菌性结膜炎等眼部并发症有明确的治疗效果及良好的安全性，具有临床应用价值。
二、手术治疗
眼眶肌炎无需手术治疗。
三、放射治疗
对于有皮质激素禁忌证或糖皮质激素治疗不能耐受的患者，可采用放射治疗。放射治疗的疗效取决于放射敏感性，不同组织器官在受到照射后出现变化的反应程度各不相同。保持眼部照射部位清洁，预防感染、坏死，是提高放疗敏感性的重要条件。