无痛胃肠镜的价格和每个省份规定的物价有关系，河南省的无痛胃肠镜一起做需要2500元左右，有的省份政府有补贴，价格会较低。如果住院，无痛胃肠镜是不能报销的。
无痛胃肠镜检查前需要完善术前的检查，了解是否存在病毒感染。准备肠道的过程中会比较麻烦，需要把肠道内的粪便全部排干净，还需要进行心肺功能的评估来进行麻醉。只要各方面的功能都非常好、肠道清洁程度比较好、心肺功能没有异常，无痛胃肠镜还是比较安全的，价格方面是医生无法决定的。