做骨髓移植的风险，一般是骨髓移植后的各种并发症，主要区分为骨髓移植后，早期的并发症和移植后晚期的并发症。早期出现的并发症大多有肝静脉闭塞病，出血性的膀胱炎，血栓性的微血管病以及感染等等。骨髓移植的晚期并发症有间质性肺炎，甲状腺功能下降，生殖功能会出现减退，继发性的肿瘤，肝功能出现异常，腹泻，便血，甚至肠梗阻等。