乳糖不耐受的症状个体差异是很大的，与小肠黏膜残余的乳糖酶的活性有关。另外和进入肠道的乳糖量有关，还和胃排空的速度、肠道细菌发酵乳糖的能力都有一定的关系，乳糖不耐受的典型症状表现为腹胀、肠鸣音亢进、肠绞痛、腹泻、呕吐等胃肠症状。
部分孩子还出现胃肠功能减弱，可以出现便秘。另外，典型的症状除这些以外，病症的严重程度与进食乳制品的量也有关系。因此，也有小部分的孩子进食可耐受的一定量乳制品不会出现明显的症状。
孩子乳糖不耐受最常见的是腹泻，典型的粪便为黄色稀便或者是蛋花汤样，带有泡沫及酸臭味，有奶块，少数的孩子有吐奶、呕吐的情况。另外还有明显的腹胀和明显程度的不安、哭闹、排便，或者经治疗后腹泻好转。症状严重的可能影响孩子的生长发育，年长的孩子会出现腹部不适、腹胀多为常见。