绝大多数疟疾患者是可以彻底治愈的，疟疾的病死率因感染的虫种不同而差异较大，肩入疟、三日疟和卵形疟死率很低，而恶性疟的病死率较高。婴幼儿感染、延误诊治和耐多种抗菌药物，重毒感染的病死率较高，脑型疟病死率达9%-31%，而且可出现偏瘫、失语、斜视、失明、小脑共济失调和精神异常等多种后遗症。
目前临床上对于疟疾的治疗，主要包括基础治疗和抗疟原虫治疗。基础治疗一般支持及对症治疗，包括发作期及退热后24小时应卧床休息，注意补足水分。抗疟原虫治疗是疟疾治疗的核心，选药原则根据诊断是否为恶性疟疾、血中原虫密度大小、病情轻重、是否来自耐药流行区、当地疟原虫的耐药类型。当地药的可及来选择药物。世界卫生组织建议使用青蒿素衍生物，与另一种有效抗疟疾药物的联合方案，这是目前最有效，并且可以避免与疟原虫产生耐药性的方法。