冠状动脉异常起源主动脉是一种先天性疾病，无针对性的预防措施，但注意孕期保健，保证优生优育，可避免胎儿出现异常情况。
（1）注意避免近亲婚姻，可避免冠状动脉异常起源主动脉的发生。
（2）孕期孕妇避免接触可能对胚胎发育造成影响的环境，如电离辐射、甲醛等毒害物质。
（3）保持孕期心情良好、积极、乐观的情绪对胎儿的健康发育有着良性作用。