小儿衣原体肺炎只有在衣原体肺炎流行的季节或者是区域才会产生。因此，预防衣原体肺炎要最好避免到人多的公共场所，也不要参加群体性活动和聚会，就可以减少被感染的机会。
（1）合理地服用抗生素，以防病程迁延，转为慢性或长期带菌。
（2）注意集体和个人卫生，应强化对环境公共卫生的管理和监督，个人的洗浴用品、毛巾独自使用；不穿借别人的内衣、泳衣；外出期间不洗盆塘；尽量使用坐式马桶，上厕所前洗手。这些做法可以减少接触感染的机会。
（3）注射肺炎疫苗，能有效预防衣原体肺炎，防微杜渐。