遗传性蛋白C缺陷症本身并不会引起任何症状，只有在导致不同部位出现血栓栓塞后才会出现不同的伴随症状，可导致静脉栓塞反复发作、下肢深静脉血栓形成后综合征、肺栓塞等并发症。
一、典型症状
静脉血栓形成：该疾病极易导致静脉血栓形成，随后会出现伴随症状，有些患者还会反复发作。
二、其他症状
1、出现浅表性血栓性静脉炎时：可出现浅表静脉的疼痛、压痛、硬结和(或)红斑，伴随皮肤温度高和红斑常可触及条索状或结节状物。
2、出现深静脉血栓时：可出现远端静脉高压、肢体肿胀、疼痛及浅静脉扩张等临床症状，多见于下肢，尤其在用力时，疼痛会更加严重，严重时可有跛行。
3、出现肺栓塞时：可有面色苍白、出冷汗、呼吸困难、胸痛、咳嗽等，并有脑缺氧症状如极度焦虑不安、倦怠、恶心、抽搐和昏迷。
4、出现颅内静脉血栓形成时：可出现头昏、头痛、恶心、呕吐、昏迷、瘫痪、癫痫、神经功能障碍、耳鸣脑鸣和颈部不适等症状。
5、若为纯合突变型患者：纯合突变型患者较少，但一旦出现，极有可能胎死腹中，出生后，表现为非常严重的新生儿紫癜。