多发性肾囊肿不需要治疗，只有长到一定大小的时候，可以考虑采用手术治疗。多发性肾囊肿和多囊肾不一样，算是一种良性病变，通常情况下对肾脏的影响并不大。针对治疗，主要是根据数量、大小和部位，来决定如何治疗。
如果单侧的肾囊肿，数量>3个，大小>5cm，向内生长，这种情况下就有可能对肾脏造成一定的挤压，出现局部的肾功能受损。另外，也容易诱发局部的肾积水和局部感染的形成，所以这个时候需要治疗，主要是采取手术治疗。手术治疗也是三种方法：第一种方法，穿刺抽囊液，打硬化剂；第二种方法，去顶减压；第三种方法，肾囊肿的切除。经过治疗以后，囊肿就基本上消退了。