乳腺分叶状肿瘤尚无明确证据证实该病的直接病因，可能与内分泌失调、代谢紊乱、卵巢功能、生育、哺乳等因素有关。
一、主要病因
本病病因不明，一般认为与以下几种因素相关：
1、内分泌激素紊乱：有资料提示青春期、生育期及围绝经期为其三个发病高峰期。
2、继发于纤维腺瘤：年轻患者的发病与乳腺纤维腺瘤相关，可能起源于纤维腺瘤。
3、其他因素：如种族、地域、卫生习惯、生育哺乳等。
二、诱发因素
目前尚无具体病因，但一些学者认为与以下因素有关：
1、内分泌失调：雌激素水平增高引起该病。
2、结婚、生育以及哺乳：单身女性患乳腺癌患者较已婚妇女多，婚后生育者较未生育者也低，生育但未哺乳者比正常哺乳者发病率高。
3、卵巢功能：乳腺是激素受体器官。雌激素是乳腺发育的基本刺激素，是乳腺癌发病的先决条件之一。有学者认为，雌酮和雌二醇的异常增加与雌三醇的缺乏是乳腺癌发病的原因之一。