1、组织病理学检查：本病的真菌孢子(小分子孢子)在肺泡内出芽增殖形成酵母菌，酵母形式可以在复杂急性肺部疾病(组织胞浆菌病、纵隔肉芽肿、纵隔纤维化)患者的组织中找到。用六亚甲基四胺银或碘酸-希夫试剂对组织进行染色，则可以在巨噬细胞内或外发现酵母菌。
2、病原菌培养：
（1）组织胞浆菌通常需要在25C温度下，沙氏琼脂培养基上培养6周。检测出瘤状大分生孢子只是一个初步诊断，因为瘤孢菌属也能形成类似结构。用化学发光的DNA探针对英膜组织胞浆菌进行检测以明确诊断是必要的。
（2）不管有无症状的急性肺组织胞浆菌病宿主体内，痰培养都很少获得阳性结果，而支气管灌洗液培养的阳性率比痰培养高。60%的慢性肺组织胞浆菌病患者的痰培养结果阳性。
（3）在90%以上的进行性播散性组织胞浆菌病患者的血液或骨髓中可检出这类酵母菌。
（4）急性肺组织胞浆菌病患者的血培养是阴性的，有肉瘤形成的患者，不管什么来源的培养都培养不出这种真菌。对外周血进行瑞氏染色可以发现白细胞内的真菌元素。
3、免疫法检测：
（1）对疑似播散性组织胞浆菌病患者用放射免疫法检测真菌多糖抗原是最广泛使用的诊断性研究。在HIV感染者及其他有感染播散性疾病风险的患者中，其尿液、血液或者支气管灌洗液中组织胞浆菌检测率为90%。
（2）采用酶免疫法(EIA)检测抗原具有相当的敏感性以及更高的特异性，但实用性有限。然而放免法及酶免疫法对尿液中抗原的检测敏感度都要高于血清抗原检测。急性或慢性肺部感染患者的血清、尿液及支气管灌洗液检测其抗原检测阳性率都是可变的。患有播散性疾病患者的抗原序列检测有助于监测治疗效果。
4、抗原抗体检查：
（1）血清转换的检测对急性肺组织胞浆性疾病、其并发症及慢性肺疾病的诊断仍然有用。对酵母血清抗体及菌体抗原检测的经典方法是补体结合实验。80%以上的组织胞浆病患者的滴度≥1：8，滴度≥1：32对新进感染诊断的意义最大。补体结合抗体滴度检测在感染早期意义通常不大，直到暴露4~6周后测定才阳性。在酵母或者菌丝相测定中滴度增加4倍或者单一的滴度≥1：32是活动性感染的推定证据。
（2）通过免疫扩散来检测抗体的敏感度不高，但其特异性高于补体结合实验，可用于确诊可疑阳性补体结合抗体滴度的患者。
（3）皮肤试验只适用于流行病学调查，因为皮肤反应是终身的，皮内注射可以引起其他本来反应阴性的患者产生免疫反应。
5、X线检查：大多数急性肺部感染的患儿胸部X线检查正常，而有症状的患儿典型X线表现为斑片状支气管肺炎和不同程度的肺门淋巴结肿大。年幼儿肺炎可自行愈合，局部或霰弹样钙化灶可在急性肺部感染的恢复期发现。