幼年类风湿关节炎病因尚不清楚，目前认为主要与免疫遗传的易感性和外部环境刺激的触发有关，好发于具有遗传易感性的儿童，如表达特殊的HLA(人类白细胞抗原)亚型的儿童。
一、主要病因
1、感染因素：据报道细菌、病毒、支原体和衣原体的感染与本病有关，但不能证实是引起本病的直接原因。
2、遗传因素：有资料证明类风湿有遗传学背景，有单卵双胎及同胞兄妹共患的病例。
3、免疫学因素：幼年类风湿关节炎患儿可能存在体液免疫、细胞免疫异常。
二、诱发因素
寒冷、潮湿、疲劳、营养不良、外伤、精神因素等可成为本病的诱因。在感染及环境因素的影响下，细菌、病毒的特殊成分，以超抗原机制作用于具有遗传学背景的人群，通过T细胞受体激活T细胞，使其活化增殖和分泌大量炎性细胞因子，引起免疫损伤。