会厌囊肿在没有并发炎症，没有感染的情况下是不用吃消炎药的。如果并发有炎症、有感染的情况可以口服消炎药，严重的可以静脉应用消炎药，可以用青霉素类、头孢类消炎药或者左氧氟沙星等等。
会厌囊肿有一部分是先天性的，另一部分是后天腺体口堵塞导致的。大部分会厌囊肿病人没有并发炎症，是不用药物治疗的，只有在并发炎症、并发感染的情况下才需要消炎治疗。会厌囊肿如果比较小、没有什么症状可以不用处理，长期观察就可以。如果囊肿比较大，影响吞咽、呼吸，或者有异物感很严重的情况，可以手术治疗，全麻支撑喉镜下将会厌囊肿切除。