盐酸特比萘芬凝胶可以用于灰指甲的治疗，但是效果可能有限。灰指甲也叫甲癣或甲真菌病，是由皮肤癣菌等致病真菌感染甲板所引起的病变。灰指甲原则上是使用抗真菌药物进行治疗，但是在外用药方面，普通的抗真菌药物包括达克宁、美克、兰美抒乳膏，还有盐酸特比萘芬凝胶等，它们的渗透力有限，很难穿透甲板杀灭灰指甲比较深层的皮肤癣菌，所以用来治疗灰指甲效果都不太理想。
虽然特比萘芬是很强的杀真菌药物，但是因为渗透性的限制，也难以充分起效，所以选择特殊的加了促渗剂的外用药，比如阿莫罗芬搽剂、环吡酮胺搽剂，外用治疗灰指甲效果比较好。严重的灰指甲可能还要考虑口服抗真菌药物，比如伊曲康唑、特比萘芬口服，才能取得较好的效果。