1、脑囊虫病：由于大量囊虫进入脑内，发病急骤，出现明显的精神和神经障碍，甚至迅速死亡。神经损害取决于囊虫数目和位置所致的机械效应及囊虫引起的炎性和中毒反应。
2、眼囊虫病：眼囊虫病占囊虫病的1.8%~15%，可寄生在眼内的任何部位，常为单侧感染，以玻璃体及视网膜下多见。
3、皮下组织和肌肉囊虫病：一般出现皮下或肌肉内囊虫结节，以头颈和躯干较多，四肢较少。