乳腺囊肿切除后可能会复发，因为乳腺囊肿的发生原因不是太清楚，单纯乳腺囊肿的发生可能和雌激素水平过高或复旧、退化、有微小缺陷有关。而潴留性囊肿可能和乳腺导管不通畅，比如炎症、肿瘤、结构有缺陷、结构紊乱引起的导管不通畅有关系。
通过切除乳腺单个囊肿，别的地方可能会长新的囊肿，即使在切除的局部周围，也可能腺体组织再出现新的囊肿。所以乳腺囊肿在没有怀疑有恶变的情况下不建议手术切除，因为没有必要，而且切除后可能复发。手术是有创的，会给病人带来一定痛苦，会留下疤，患者也不愿意看到。所以乳腺囊肿不建议做手术的切除，因为切除后可能要复发。