再生障碍性贫血主要是由于遗传异常所致，为先天性再生障碍性贫血，但绝大多数患者是获得性再生障碍性贫血，能引起再生障碍性贫血的原因多种多样，其中包括病毒感染、化学药物、辐射、免疫异常等。
一、主要病因
1、原发性再生障碍性贫血：病因不明，可能与造血干细胞缺乏、自身免疫、遗传因素相关。
2、继发性再生障碍性贫血：
（1）化学因素：引起再生障碍性贫血的化学药物有氯霉素、碘胺类药物、杀虫剂、抗癌药、苯巴比妥、抗癫痫药、抗甲状腺药等，其中氯霉素是引起再生障碍性贫血最常见的药物。化学物品以苯及其衍生物(如油漆、塑料、染料)等为主。
（2）物理因素：各种电离辐射如X射线、γ射线及放射性核素等。骨髓是放射敏感组织，长期超允许量放射线照射(如放射源事故)可致再生障碍性贫血。
（3）病毒感染：风疹病毒、EB病毒、流感病毒以及肝炎病毒(特别是丙型肝炎病毒)，均可引起再生障碍性贫血。
二、诱发因素
1、物理因素：X线、γ射线等可干扰DNA的复制，使造血干细胞数量减少，骨髓微环境也受损害。
2、生物因素：各型肝炎病毒均能损伤骨髓造血，如EB病毒、流感病毒、风疹病毒等。
3、免疫因素：患者的免疫因素发生障碍时就会造成体内产生抑制造血干细胞的抗体，如统性红斑狼疮即为此原因导致，所以就会造成人体贫血，但是增加免疫功能以后就会慢慢的恢复。
4、遗传因素：由于家族性的遗传疾病，导致部分患者在5~10岁时出现此病。