胆管结石的成因非常复杂，与多种因素有关，任何影响胆固醇、胆汁酸和磷脂浓度比例，以及造成胆汁淤积的因素，都能导致结石形成。
一、主要病因
目前认为其基本因素是胆汁的成分和理化性质发生了改变，导致胆汁中的胆固醇呈过饱和状态，易于沉淀析出和结晶而形成结石。此外，胆管结石病人的胆汁中可能存在一种促成核因子，可分泌大量的黏液、糖蛋白，促使结石形成。胆汁排泄受阻、胆管内胆汁瘀滞，也有利于结石形成，比如肝内感染、胆汁瘀滞、胆道蛔虫、激素、酒精、肥胖、妊娠、高脂肪饮食、长期肠外营养、糖尿病、高脂血症、胃切除或胃肠吻合术后、回肠末端疾病、回肠切除术后、肝硬化、溶血性贫血等，均是导致胆管结石发病的因素。在我国经济发达城市和西北地区的胆管结石发病率相对比较高，可能与饮食习惯有关。
二、诱发因素
1、高脂肪饮食：胆管结石的患者大多数发生于进食油腻食物之后，此类食物会使人体胆汁中的化学成分比例发生失调，致使胆汁相对黏稠，影响胆汁排泄而诱发。
2、大量饮酒：大量酒精刺激可影响胆汁排泄。
3、精神刺激：严重的精神刺激，尤其是生气状态下会影响到胆汁的排泄。
4、不规律饮食：长期不规律饮食容易诱发消化系统激素分泌异常，影响胆汁排泄，尤其是长期不吃早餐者更易诱发。