由于进食蜡样芽孢杆菌污染的食物，大量活菌侵入肠道所产生的肠毒素所致。可通过污染的食物传播，任何年龄段患者都可致病，无特发人群。
蜡样芽孢杆菌产生的芽孢是导致食源性疾病的一个重要因子，芽孢高度耐热，能够承受干燥、有毒化学物质、UV 射线、射线和其他不利的环境因素。虽观察不到芽孢的新陈代谢活动，但芽孢可以在没有营养的条件下存活数年，是最耐受灭活的生命形式。一些蜡样芽孢杆菌的芽孢比嗜温型枯草芽孢杆菌和地衣芽孢杆菌的芽孢更耐热，能够经受烹调食品中的很多程序。研究报道称通常的食品加热烹调无法杀死该菌的芽孢，芽孢会残存并发芽，从而导致生产的食物受污染8%。因此，蜡样芽孢杆菌芽孢难杀灭的特性是导致其容易造成食品污染并致病的主要原因。