先天性外耳道闭锁是因胚胎发育过程中第一鳃沟发育障碍所致，先天性外耳道闭锁的发生是多种因素共同作用的结果，多数为常染色体隐性遗传，个别为常染色体显性遗传，有的为某些染色体病的一种症状。除遗传因素外，孕期服用反应停也可能导致胎儿患该病。
1、遗传因素：绝大多数先天性外耳道闭锁患者为散发，在有家族史的患者中，9%为常染色体显性遗传，90%为常染色体隐性遗传，其余的1%为X染色体遗传。
2、胚胎因素：在胚胎发育的早期过程中，胎儿的耳即开始发育，若在此时母体受到外界环境的影响，就有可能导致胚胎向异常方向发育，其中包括物理因素，如受到大量X线照射；化学因素，如服用不当的药品；生物因素，如细菌或病毒的感染。也有研究表明，糖尿病、妊娠早期代谢紊乱等可导致耳或其他畸形。