直肠阴道瘘不能自愈，均需手术治疗且手术治疗效果很好。非手术治疗旨在控制结直肠或阴道内的感染，避免病情加重。
一、药物治疗
直肠阴道瘘无论是否进行手术，建议均应先进行药物治疗3~6个月，以控制局部炎症，有些患者会在此期间痊愈。常用药物有高锰酸钾溶液坐浴或生理盐水冲洗局部。
二、手术治疗
1、瘘管切除分层缝合术：将瘘管切除后分层缝合，可经阴道或直肠修补。优点是手术简单，操作容易。缺点是复发率高，由于缝合时有张力，分离直肠或阴道组织不均，因此黏膜肌肉瓣缺乏充足的血液供应，导致手术效果不佳。
2、直肠移动瓣修补术：近年来多数学者认为此法对于修补低位直肠瘘应作为首选。
3、骶腹会阴手术：手术适合于生后6个月以上患儿。手术易清楚辨别耻骨直肠环，又易游离直肠，对瘘口较高的瘘管也较容易分离剔除。
三、其他治疗
对于较大粪瘘、一次性修补困难的患者，医生可能会暂行乙状结肠造瘘+修补。