碘缺乏病是因为食物和饮水中缺碘，而碘的主要作用是合成甲状腺素，缺碘使甲状腺素合成障碍，从而影响生长发育。生活环境中饮用水所含碘较少以及平时严重偏食，导致碘摄入不足，都可能发生该病。
1、环境因素：其流行的原因是世界大部分地区的土壤中缺碘，尤其是冰川冲刷地带和洪水、泛滥的平原。人类活动对土壤的破坏，滥砍滥伐，水土流失，也造成了环境缺碘。
2、胎儿缺碘：妊娠期间孕妇如碘的摄入不足，血浆中无机碘离子浓度降低，甲状腺产生的T3、T4较少，血液中T3、T4减少，以致通过胎盘的T3、T4减少，不能满足胎儿的需要，胎儿的生长发育即出现了一系列的障碍，中枢神经系统首先出现症状。
3、膳食因素：膳食因素也可加重碘的缺乏。
（1）膳食中缺碘: 人体碘的供给约60%来源于植物性食品，如土壤中的碘缺乏可导致植物性食品中碘含量不足。
（2）低蛋白：影响碘的吸收和利用，低蛋白、低能量可使血清中T3、T4、血浆蛋白结合碘(PBI)降低，血清促甲状腺素(TSH)升高。低蛋白、高碳水化合物可影响甲状腺对碘的吸收，和利用葡糖硫苷棉豆苷抑制碘的有机化过程。
（3）抑制甲状腺摄取碘化物:人们普遍认为玉米、小米、甜薯、高粱及各种豆类中在肠道中可释放出氰化物，进而被代谢成硫氰酸盐，可抑制甲状腺摄取碘化物。
（4）钙磷含量高: 钙磷含量高的食物可妨碍碘的吸收，抑制甲状腺素的合成，加速碘的排泄。
上述各种饮食因导至机体缺碘，不能满足儿童合成甲状腺素的最低要求，可出现生长发育落后。如长期缺碘，甲状腺激素水平降低、垂体分泌TSH增加、甲状腺体积增大，则出现弥漫性甲状腺肿大。
4、药物因素：硫脲类抗甲状腺药物、四环素、磺胺类、咪唑类等药物可干扰酪氨酸的碘化过程，也有一定导致甲状腺肿作用。