肛窦炎需要与直肠息肉、内痔、绒毛状乳头腺瘤、肛瘘进行鉴别。
1、直肠息肉：息肉发生在齿线以上，可有一个或多个，质软或硬，表现为红嫩易出血。根蒂细长，无触痛，无明显症状。
2、内痔：圆形质软，一个或多个，有蒂或广基，无疼痛，表面光滑，无开口及乳头样改变。
3、绒毛状乳头腺瘤：有蒂，肿物表面呈海绵状或毛绒状，易出血，可伴有粘液。
4、肛瘘：肛瘘内口多在肛窦，触诊内口下可摸到条索状物，肛窦炎检查时则无上述所见。