肠道厌氧菌感染的疾病分类一般根据所感染的厌氧菌而分类，临床以C型产气荚膜杆菌和难辨梭状芽孢杆菌引起的感染为多见。
1、C型产气荚膜杆菌感染：C型产气荚膜杆菌所产生的可使肠道发生运动性麻痹，进而发生坏死。发病者以儿童多见，临床起病急骤。
2、难辨梭状芽孢杆菌感染：难辨梭状芽孢杆菌感染常继发于手术后，尤于应用抗菌素后发生。