沙格列汀主要的副作用是低血糖，主要表现的是心慌、乏力、饥饿感、出虚汗、面色苍白、视物不清，但是单独使用沙格列汀，低血糖的风险比较低。沙格列汀如果和胰岛素、磺脲类的促泌剂、非磺脲类的促泌剂联用，出现低血糖的风险可能会增加，极个别人会出现过敏的反应，出现荨麻疹和皮肤的水肿。
沙格列汀总体安全、有效，低血糖的风险小，对体重的影响是中性，但是在使用的时候也要适当注意，沙格列汀不能用于1型糖尿病或糖尿病酮症酸中毒的患者。肾功能不全、严重的肝功能受损或者是有皮肤的疾病，以前有皮肤的超敏反应、心力衰竭、免疫功能低下的患者，也尽量避免使用沙格列汀。