无全身症状或症状较轻的畸形单纯性咽炎患者，可局部应用对口腔具有清洁、杀菌作用的含漱液，各种含片及中成药可酌情选用，针对病因可适当应用口服抗病毒药或抗生素。全身症状较重伴有高热者，除上述治疗外，应卧床休息、多饮水及进食流质食物，可经静脉途径应用抗病毒药或抗生素。
一、一般治疗
1、病人宜卧床休息。
2、多饮水及进食流质食物。
3、可局部应用对口腔具有清洁、杀菌作用的含漱液，各种含片。
二、药物治疗
1、布洛芬：属于芳基丙酸类，本类药物口服吸收迅速而完全，有明显的抗炎、解热、镇痛作用。胃肠道反应是最常见的不良反应，主要有恶心、上腹部不适。少数患者有皮肤黏膜过敏、血小板减少、头痛、头晕及视力障碍等不良反应，使用时应谨遵医嘱。
2、头孢克肟：属于内酰胺类抗生素，头孢菌素类为杀菌药，抗菌原理与青霉素类相同，能与细菌细胞膜上的青霉素结合蛋白结合，妨碍黏肤的形成，抑制细胞壁合成。不良反应较少，常见的是过敏反应，多为皮疹、荨麻疹等，过敏性休克罕见，但与青霉素类有交叉过敏现象，静脉给药可发生静脉炎。
3、复方硼砂液：可用复方硼砂液含漱，可适当溶化黏液分泌物，利于痰液排出。
4、碘甘油或硝酸银：在发病初期，可用碘甘油或硝酸银涂擦咽壁，有促进炎症消退的作用。
5、普米克令舒：若炎症侵及喉部或气管，可选用适当的激素雾化吸入治疗，如用普米克令舒。
三、手术治疗
急性单纯性咽炎以对症治疗为主，无手术治疗。
四、其他治疗
物理降温：当患者出现发热时，可进行物理降温，如酒精擦浴、放置冰袋等。