百日咳的病原体主要是百日咳杆菌。临床病程一般分为三期：第一期、前驱期，表现为非特异性的类感冒症状，如咳嗽、打喷嚏、流涕、发热，以后咳嗽可逐渐加重，常常白天轻夜间重。第二期，痉咳期，可出现明显的阵发性痉挛性咳嗽，一般持续2-6周，也可长达2个月以上，主要表现为痉挛性咳嗽，伴鸡鸣样回声，可反复多次咳嗽直至咳出大量脓痰，常伴有呕吐。由于剧烈咳嗽可导致面部眼睑水肿，鼻出血，重者可出现颅内出血。第三期、恢复期，痉挛性咳嗽的情况缓解，鸡鸣样吸气样喉声消失，直至咳嗽停止，约为2-3周，并发肺炎，肺不张等其他病症，可迁延不愈持续数月。