窦性心动过缓的原因分为生理性和病理性。生理性窦性心动过缓常见于健康的青年人、运动员及正常人睡眠状态时，可能与迷走神经紧张度增高、深度睡眠时机体自我保护导致减少能量消耗有关。病理性窦性心动过缓的原因，包括颅内疾患如颅内压升高，及严重缺氧、 低温、 甲状腺功能减退、 高钾血症、 阻塞性黄疸，以及窦房结病变和急性下壁心肌梗死，均可发生窦性心动过缓。除以上原因外，药物的使用也会导致病理生理性窦性心动过缓，常为一过性表现，停用药物后心率可恢复正常，比如应用胺碘酮、 β受体阻滞剂、 非二氢吡啶类的钙通道阻滞剂或洋地黄类等药物。