总体的说，CT和核磁共振的检查原理不同，以头部为例，CT和核磁共振都可以进行检查，但各有利弊。CT对于脑出血显示清楚，而且急诊必须要做头部CT，看是否出血，以免延误病情。对于小的梗塞，核磁共振检查显示更好一些，如果经常头晕的话，考虑脑供血不足可以做核磁共振，可以显示CT无法显示的小病灶。
核磁共振检查对新发梗塞可以发现6个小时之内的梗塞，也就是核磁共振脑功能成像中的DWI，为临床溶栓提供时间依据。而CT24小时后才能显影，会失去溶栓的时间窗，所以在新发梗塞的检查中核磁共振检查更有优势。CT和核磁共振两项检查有的时候必须都要做，有的时候可以选择其中一个，所以需要咨询医生，看适合哪项检查方法。