肛瘘手术的复发率不可能达到96%，临床上并没有这么高，肛瘘的复发率在10%-15%左右，大多是由于高位复杂性肛瘘导致的。而对于低位的单纯性肛瘘，经手术治疗的复发率接近为0%。肛瘘复杂性位置偏高的瘘管，手术时由于探查困难，可能在术中遗漏瘘管或者内口的处理，导致术后的复发。所以对于高位复杂性的肛瘘，术前会完善各项检查，肛门周围的磁共振检查是目前肛瘘检查的金标准，可以准确地判断内口瘘管的走形等。