对于病情危重的婴儿主要症状是发热，尤其对于6-8周的发热婴儿，即使体征提示有其他部位的感染也应当留取尿样进行细菌培养，以判断有无尿路感染。
两岁以内的幼儿泌尿系统感染症状不明显，多表现为全身症状，如发热、易激惹、喂养困难、呕吐和腹泻，发热的女性婴儿出现以下情况就要考虑泌尿系感染的可能性，比如未发现其他的发热源、体温超过39℃、发热超过两天以上、年龄小于12个月，如果出现这类情况就建议做尿培养。
年龄稍大的小孩能够描述出一些定位于尿路的体征，如排尿困难、耻骨上疼痛、肾区痛、腹痛等，此时小孩不能完全描述尿道的症状，对于无定位体征或者泌尿系症状不典型的小孩比较容易产生漏诊。