产碱杆菌的检出率较低，临床较少见，临床中主要遵循早期确认微生物感染、积极抗感染治疗及预防并发症等原则，常见的治疗手段有对症治疗、抗菌治疗等，一般轻者1~2周可治愈。
一、药物治疗
1、解热镇痛药：常用药物有布洛芬等，主要应用于持续高热、剧烈胸痛的患者。
2、止咳化痰药：常用药物有氨溴索等，氨溴索可以促进痰液排出，缓解咳嗽、咳痰等症状。
3、抗生素：常用抗生素有替加环素、多粘菌素、美罗培南、哌拉西林、左氧氟沙星等。据临床研究表明，产碱杆菌对替加环素、多黏菌素敏感性最好，耐药率为0.00%，对美罗培南、亚胺培南、哌拉西林、左氧氟沙星敏感性较好，耐药率＜20.00%。
二、手术治疗
产碱杆菌属感染无手术治疗，以药物治疗和对症支持治疗为主。
三、营养治疗
患病期间保证充足的营养和水分摄入，鼓励多饮水。饮食宜清淡、营养均衡，增加维生素和微量元素摄入，提供足够的热量、蛋白质和维生素的流质或半流质食物。
四、其他治疗
1、呼吸支持：维持患者呼吸道通畅，及时进行痰液引流；低氧血症及病情严重的患者及时进行氧疗，保证氧气供应；呼吸频率、节律严重异常并伴有意识昏迷的患者，应及时进行机械通气。
2、支持治疗：监测患者的血流状况，预防循环血流量不足，积极控制患者血糖，并防止患者出现应激性溃疡。
3、雾化治疗：患者出现咳嗽咳痰，痰量较多或黏稠时，可借助雾化治疗吸入止咳化痰、消炎药物帮助排痰。